Page 25 - BİOMEDYA SAYI 32

25
www.biomedya.com Mayıs - Haziran 2021 BİYOTEKNOLOJİ VE YAŞAM BİLİMLERİ GAZETESİ

amaçlarını üçe ayırabiliriz. İlk olarak, analiz edilebilmesi.
toplanılan veriler saklanılmalı, • Endüstri ve tıp alanlarında
herhangi bir sorun olmadan depo kullanılabilecek yeni makro
olarak kullanılmalı ve ihtiyaç moleküllerin tasarlanabilmesi.
duyulduğu anda kolayca ulaşılabilir • Çeşitli kimyasal reaksiyonlardan
olmalıdır. İkinci amaç da birinci amaca insan vücudunun çalışma
bağlı olarak dünyanın her yerinden sistemlerine, mekanizmaların
sağlanan veriler geliştirilebilmelidir. taklit edilip detaylı inceleme
sağlanabilmesi.
Çünkü kullanılmayan biyolojik veriler
yarar sağlamaz. Bu veriler kullanılabilir Bu araştırmaların sonuçları ve
ve geliştirilebilir hale getirilmelidir. teknolojik gelişimleriyle dünyanın
Üçüncü amaç olarak, alınan veriler her yerindeki mühendisler, doktorlar,
deneyler için uygunluğu bilinmeli ve yazılımcılar fayda görmektedir [3].
yorumlanabilmelidir. Biyoinformatiğin Ülkemizde ve dünya genelinde
bu amaçları doğrultusunda sağlık biyoinformatik ve biyoteknoloji
sektöründe kullanılabilecek veriler çalışmalarını yapan şirketlerden
tespit edilmiş olur. Genom veri bazılarını şu şekilde belirtelim;
analizleri yapılarak, medikal analizler Ülkemizde Genometri, PHI-Tech, HGM
uygulanılır. Bunlar sayesinde teşhis Biyoinformatik, AG Biyoinformatik,
ve tedavi yöntemleri tespit edilmiş Done Genetik, Genomize. Diğer
olur. Çeşitli hastalıklar için ilaç keşfi ülkelerde; Celera Genomics (ABD),
biyoinformatik ile birlikte hızlı bir Invitrogen (ABD), DNASTAR (ABD),
Şekil 1. Biyoinformatik [2] artış göstermektedir. En küçük yapı Genedata (İsviçre), Biobase (Fransa),
taşlarımız olan hücrelere bakabiliyor Genostar (Almanya), Applied Maths
olmak, insanlık için çok önemli bir (Belçika), Integromics (İspanya),
Biyoinformatiği daha detaylı yeri çok önemlidir. Bu bağlamda
değerdir. Medikal düzeyde mikroarray, Simbiosys (Kanada), Cytogenomics
tanımlayacak olursak moleküler biyoinformatiğin çalışma alanlarını
2 boyutlu jel deneyleri, büyük ölçekli (Japonya), Health Gene Technologies
düzeyde gen; protein taramaları öğrenmemiz ve geliştirebiliyor olmamız
kütle spektrofotometrisi gibi gelişmiş (Çin Halk Cumhuriyeti) [1].
yapılarak, üç boyutlu grafiklerini gerektiğine inanıyorum.
yöntemler ile ilaç keşfine büyük oranda
çıkararak, kısa sürede çok fazla veri
katkı sağlanmaktadır [4]. Yazdığım bu çalışma biyoinformatiğe
giriş niteliğindedir. Bu alanda kendini
VERI TABANLARINA GENEL BIR BAKIŞ geliştirmek isteyen mühendislerimiz
internet üzerinden araştırdığında çok
fazla çalışmalar yapıldığını, halen
Biyoinformatiğin ilk amacının veri
devam etmekte olan birçok çalışma
tabanı oluşturmak ve kullanılabilir hale
olduğunu görecektirler. Çağımızda
getirmek olduğunu söylemiştik.
meydana gelen bilgi yığınlarının
arasından doğru bilgilere ulaşarak
Bu veri tabanları yapılacak işlemler için
yolumuza devam etmeliyiz. İçinde
kolay ulaşılabilir ve alınması gerekli
bulunduğumuz pandemi döneminde
bilginin ayrılmasını sağlayabilmelidir.
yeni araştırma alanlarına başlamak,
Uluslararası oluşturulan veri
kendimize yön verebilmek bizim
bankalarında en detaylı olarak
elimizde. Kendinize iyi bakın…
kullanılabilir gen düzenini, nükleotid
dizilerini gösterebilen üç temel banka
Kaynaklar:
bulunmaktadır. Bunlardan ilki 1982 1. Kadir Has Üniversitesi. Biyoinformatik
yılında Amerika’da NCBI (National ve Genetik. Ağustos 17, 2020 tarihinde
Center for Biotechnology Information) http://sites.khas.edu.tr/biyoinformatik/
tarafından oluşturulan GenBank’tır. nedir/biyoinformatik-ve-genetik-
Bu veri bankası aynı zamanda protein 2/#:~:text=Biyoinformatik%20ad%C4%B1%20
dizilimleri için de hizmet sağlar. ilk%20defa%20Paulien,ayr%C4%B1%20
bir%20bilim%20dal%C4%B1%20olarak
İkincisi aynı yıl İngiltere’de Avrupa
2. DAĞTEKİN, N. Biyoinformatik. Ağustos, 19,
Biyoinformatik Enstitüsü tarafından
2020 tarihinde https://slideplayer.biz.tr/
oluşturulan EMBL (Avrupa Moleküler
Şekil 2. Biyoinformatiğin Amacı [5] Biyoteknoloji Laboratuvarı)’araştırma slide/8900913/
3. DİKMEN, A. (2018, Şubat 28). Bilgisayarlı
kurumudur. Bu veri bankası da Biyoloji: Biyoinformatik. bioMedya: https://
protein dizilimleri ile ilgili hizmet www.biomedya.com/bilgisayarli-biyoloji-
üretilebilir. Bu yüzden biyoinformatik NEDIR BU BIYOINFORMATIĞIN AMACI? sağlamaktadır. Üçüncüsü ve son olarak, biyoinformatik-1
alanı bilgisayar ve biyoloji konularını Japonya’da 1988 yılında oluşturulan 4. DUMAN, Y. E. Biyoinformatik ve İlaç Keşfi.
içerdiği gibi matematik ve istatistik DDBJ (DNA Data Bank of Japan) veri Ankara.
konularını da kapsamaktadır [3]. Biyoinformatik; biyoloji, bilgisayar, tabanıdır [5]. 5. Kaya, Hilal & Soya, Seçkin & Akkale, Cengiz
matematik, istatistik konularını & Tanyolac, Bahattin. (2012). Biyoteknoloji
Biyoinformatiğin temelinde DNA kapsayan bir bilim dalıdır. Çağımız BIYOINFORMATIK NEREDE ÇALIŞIR? ve Biyoinformatik.
ve genlerin olduğunu söylemek teknolojisi ile birlikte çok fazla veri 6. Özkan, T.N. (2020, Eylül 2). Altın
Biyoteknoloji: Biyoinformatik. Dr.
yanlış olmayacaktır. Bulunduğumuz deposu vardır. Kullanılabilecek çok Bioengineer: https://www.drbioengineer.
yüzyılda teknolojinin hızla gelişiyor fazla kaynak, veri girişleri sayesinde • Çeşitli hastalıkların ve genetik com/post/alt%C4%B1n-biyoteknoloji-
olmasına rağmen bir hücrenin içinde biyoinformatik alanında gelişmeler bozuklukların giderilebilmesi için, biyoinformatik adresinden alındı.
olayların nasıl gerçekleştiği, DNA’nın hızlı bir şekilde devam etmektedir. aynı zamanda ilaç üretiminin 7. https://www.drbioengineer.com/
o hücreyi nasıl yönettiği net olarak Bu gidişatı kontrol etmek amacıyla gerçekleştirilebilmesi için DNA, RNA,
bulunamamış, açıklanamamıştır. Gen bilgisayar mühendisleri ile birlikte protein gibi makro moleküllerin üç
dizilimlerinde meydana gelen ufak çalışılabiliyor olunması ilaç keşfi ve boyutlu yapıları, sıra ve dizilimleri
bir hasar ile hastalıkların meydana hastalıklar için tedavi yöntemlerinde araştırılır. Küçük moleküllerin
geldiğini hepimiz bilmekteyiz. İşte büyük bir fayda sağlamaktadır. ligandlarıyla etkileşimleri araştırılır.
bunların tespitinde, karakteristik • Biyolojik veri tabanının büyük çapta
özelliklerinde biyoinformatiğin Biyoinformatiğin genel olarak olduğu araştırmaların sonuçlarının