Page 19 - BİOMEDYA SAYI 38

19
www.biomedya.com MAYIS - HAZİRAN 2022 BİYOTEKNOLOJİ VE YAŞAM BİLİMLERİ GAZETESİ

Tatuí'de (São Paulo eyaleti) ötenazi Bu amaçla ham maddesi RNA olan mikroorganizmaların genomlarında öncekiyle aynı işlevsel özelliklere
uygulanan üç dişi kapibaranın çekum metatranskriptomik kullandılar. nasıl organize edildiğini gördük sahip olduğunu gösterdik. Başka bir
ve rektumundan toplanan örnekleri Persinoti, "Kullandığımız başka ve bu bilgiyi inatçı bitki liflerinin deyişle bu proteinlerin gerçekten yeni
analiz ettiler. Hayvanlar ne hamileydi bir teknik, mikroorganizmaların parçalanmasında rol oynayabilecek bir aile oluşturduklarından kesinlikle
ne de R. rickettsii tarafından enfekte
olmuşlardı.
Persinoti, "Çekal ve rektum örnekleri
karın ameliyatı ile toplandı. Malzeme
sıvı nitrojen içinde donduruldu.
DNA ve RNA örnekleri laboratuvarda
çıkarıldı ve bütünleştirici omikler
kullanılarak büyük ölçekli dizilemeye
gönderildi," dedi.

Tüm bakteri ve arkelerde (bir
prokaryotik organizma takımı)
bulunan işaretleyici genleri, bu
durumda 16S'yi sıralayarak başladılar.
Persinoti ayrıca, "Bu ilk sıralama ile
çekum ve rektal numuneler arasındaki
farklılıkları tespit edebildik ve
içlerindeki ana mikroorganizmaları
tanımlayabildik. 16S geni bize hangi
mikroorganizmaların az ya da çok
bulunduğuna dair yüzeysel bir cevap
verdi, ancak mikroorganizmaların
hangi enzimleri ürettiğini veya
genomlarında hangi enzimlerin
bulunduğunu söylemedi. Bu
amaçla başka bir omik tekniği olan
metagenomik kullandık. Kapibaraların
mide-bağırsak yolundaki tüm
mikrobiyal topluluktan DNA'yı büyük
ölçekli dizilemeye gönderdik ve hangi metabolitleri ürettiğini bilinmeyen işlevleri olan yakın emin olmak için yeni ailenin ikinci bir
daha büyük miktarda veriler elde doğrulamak için metabolomikti. Omik, genlerin olup olmadığını bulmak için üyesini karakterize ettik" dedi.
ettik. Bir dizi biyoinformatik aracı biyoinformatik ve gerçek ve potansiyel kullandık. Bu önemlidir, çünkü yeni
dağıtarak yalnızca numunelerin gen ifadesinden elde edilen tüm genlerin araştırılmasına rehberlik YENI ENZIMLER VE KOKTEYLLER
her birinde bulunan genomları bu bilgileri bir araya getirerek bitki eder, ama bu sonuçları ancak daha
ve her bir genomdaki genleri liflerinin bu kadar yüksek verimli sonraki bir aşamada deneysel Persinoti'ye göre, yeni bulunan
tanımlamayı değil, aynı zamanda dönüşümünü sağlamada bağırsak olarak gösterebildiğimiz zaman, bu ailelerden biri olan GH173, gıda
hangi genlerin yeni olduğunu ve mikroorganizmalarının rolünü deşifre yeni enzim ailelerinin oluşumunu sektöründe potansiyel kullanımlara
hangi mikroorganizmaların hiç edebildik. Süreçte hangi genlerin yer kurabiliriz” dedi. sahipken; bir diğeri CBM89,
tanımlanmadığını da bulmayı aldığını da bulabildik" dedi. karbonhidrat tanıma ile ilgilidir ve
başardık. Bu şekilde, biyokütleyi Bu adayları belirledikten sonra, şeker kamışı küspesi ve samandan
depolimerize etme ve şekeri enerjiye Araştırmacılar daha sonra tüm bu araştırmacılar, işlevlerinin ikinci nesil etanol üretimine yardımcı
dönüştürme potansiyeline sahip verileri analiz ederek bitki liflerinin biyokimyasal gösterimine geçtiler. olabilir.
genlerin işlevlerini tahmin edebildik” yeniden kireçlenmesini azaltmada Persinoti, "Genleri in vitro sentezledik
açıklamasında bulundu. önemli bir rol oynayabilecek ve karşılık gelen proteinleri üretmek Araştırmacılar ayrıca aşırı enzim
genleri tanımladılar ve esas için bir bakteri kullanarak ifade ettik. üreten mantarlarla enzim kokteylleri
Araştırmacılar ayrıca örneklerin olarak şimdiye kadar bilinmeyen Bu proteinlerin işlevlerini ve nerede geliştiriyorlar ve yeni keşfedilen
toplandığı sırada hangi hedeflere odaklandılar. Persinoti, hareket ettiklerini keşfetmek için enzimler doğal olarak bu mantar
mikroorganizmaların en aktif "Seçim stratejisi, bitki biyokütle birkaç enzim ve biyokimyasal tahlil platformlarına dahil edilebilirler.
olduğunu, başka bir deyişle depolimerizasyonunda yer alan yaptık. Senkrotron ışığı ve diğer Murakami, "Yeni enzim ailelerinin
mikroorganizmaların gerçekte hangi bol miktarda gen içeren yeni teknikleri kullanarak proteinlerin keşfi, yeniliği desteklemek için
genleri ifade ettiğini bilmek istediler. genomlara odaklandı. Bu genlerin atomik yapılarını belirledik. Bu işlevsel teknoloji transferi ile entegre
ve yapısal bilgilerle proteinlerin edilebilir. Grubumuzda, özellikle
hangi bölgelerinin aktiviteleri karanlık genomik madde dediğimiz
için kritik olduğunu bulmak ve şeyi - bilinmeyen potansiyele sahip
işlevlerinin altında yatan moleküler bu karmaşık mikrobiyal toplulukların
mekanizmaları analiz etmek için başka parçalarını - anlamak için bu büyük
deneyler yapabildik” açıklamasında Brezilya biyoçeşitlilik hazinesini
bulundu. keşfetmekle çok ilgileniyoruz” dedi.

Murakami'ye göre, ikili doğrulama, MAKALE:
yeni ailelerin gerçekten dahil olmasını
sağladı. Murakami, "Yeni keşfedilen “Gut microbiome of the largest living
bir ailenin evrenini teorik olarak rodent harbors unprecedented
oluşturan diziler setinde daha enzymatic systems to degrade plant
Kapibaraların bağırsağında mikroorganizmalar tarafından üretilen biyoteknolojik önce incelemiş olduğumuza pek polysaccharides”
potansiyele sahip iki yeni enzim ailesi keşfedildi. Hayvanın sindirim sisteminde benzemeyen bir gen seçtik. Geni
bulunan mikroorganizmalar, bu biyokütleyi depolimerize etmek için benzersiz sentezledik, saflaştırdık, biyokimyasal DOI: 10.1038/s41467-022-28310-y
moleküler stratejilere sahip olabilirler. Kaynak: Gabriela Felix Persinoti olarak karakterize ettik ve dizinin