Biomedya - Biyoteknoloji & Yaşam Bilimleri

“Bits2Bonds” adı verilen bu platform, moleküler dinamik simülasyonlarını makine öğrenimi modelleriyle birleştirerek tamamen yeni ve daha etkili RNA taşıyıcılarının tasarlanmasını mümkün kılıyor.

Geleneksel yöntemlerde polimer kütüphanelerinin deneysel olarak taranması hem zaman hem de maliyet açısından büyük bir yük oluşturuyordu. Hesaplamalı yöntemler ise veri eksikliği ve yüksek işlem maliyetleri nedeniyle sınırlı kalıyordu. Bits2Bonds, bu iki engeli aynı anda aşarak siRNA bağlanması ve hücre zarlarıyla etkileşim gibi karmaşık biyolojik süreçleri simüle eden MD modellerini, gelişmiş makine öğrenimi tabanlı tasarım araçlarıyla bir araya getiriyor.

Bu yenilikçi yaklaşım sayesinde binlerce potansiyel RNA taşıyıcı polimer sanal ortamda çok hızlı taranabiliyor. Deneysel testlere yalnızca en iyi adaylar gönderiliyor ve bu durum RNA nanotaşıyıcılarının geliştirilme sürecini belirgin şekilde hızlandırıyor. Merkel, fizik tabanlı modelleme ile veri odaklı optimizasyonun birleşiminin, RNA terapileri için tamamen yeni materyallerin tasarımında devrim niteliğinde olduğunu belirtiyor.

Araştırma ekibi, platformun öngördüğü bazı polimerleri sentezleyerek siRNA taşıma etkinliği açısından test etti. Elde edilen sonuçların simülasyonlarla büyük ölçüde uyumlu olması, yöntemin doğruluğunu ve uygulanabilirliğini güçlü bir şekilde destekliyor. Bu doğrulama, platformun gelecekte daha geniş kapsamlı kullanımlar için güvenilir bir araç olacağını gösteriyor.

Bits2Bonds’un modüler yapısı, yalnızca siRNA değil, mRNA ve CRISPR temelli tedaviler gibi farklı nükleik asit türlerine uyarlanmasını mümkün kılıyor. Bu esnek yapı, kişiselleştirilmiş RNA tedavilerini hızlandırabilecek yeni bir ilaç tasarım döneminin başlangıcı olarak değerlendiriliyor.