Biomedya - Biyoteknoloji & Yaşam Bilimleri

SARS-C0V-2 pandemisinin başlamasından sonra, ResearchPath LLC'den araştırmacılar ve Rutgers Üniversitesi'ndeki işbirlikçileri, doğru ve güvenilir COVID-19 testi geliştirmek için hızla kaynak ayırdı. Varyantlar ortaya çıktıkça, yalnızca COVID-19 enfeksiyonunu teşhis etmek için değil, aynı zamanda bu enfeksiyona neden olan spesifik varyantı tanımlamak için moleküler işaretleri kullanan bir PCR testi geliştirdiler. Araştırmaları, Elsevier tarafından yayınlanan The Journal of Molecular Diagnostics'te yer almaktadır. Metodolojileri, bir PCR testi çalıştırabilen herhangi bir tesis tarafından kopyalanabilmesi için açıkça mevcuttur. 

Baş araştırmacı Sanjay Tyagi, "SARS-CoV-2'nin önceden tahmin edilebilir bir dizi klinik özelliği olan tek parça bir enfeksiyon olmadığını, daha ziyade farklı suşların testleri, semptomları ve hatta semptomları etkileyen benzersiz klinik özellikler ürettiği sürekli gelişen bir hastalık olduğunu görmek olağanüstü. " dedi.

Spesifik suşların tanımlanması, kuluçka süresinin uzunluğu, bulaşıcı dönemin uzunluğu, bulaşıcılık, patojenite ve hatta baskın semptomlardaki değişiklikler gibi önemli bilgileri ortaya çıkarır.

Suş türleri hakkındaki bilgiler genellikle uluslararası topluluk tarafından veya genetik dizileme gerçekleştiren büyük popülasyonlara sahip birkaç eyalet tarafından rapor edilir. SARS-CoV-2 suşlarını tanımlamak için gereken derin dizileme doğrudur ve bir numunede bulunan her bir mutasyonu tanımlayabilir, ancak maliyetlidir, yavaştır ve özel ekipman gerektirir. Yine de suş türü bilgisi, halk sağlığı uzmanları, politika yapıcılar ve bireyler için önemli bilgiler sağlar.

Yardımcı araştırmacı Ashley Hill, “Yerel bir toplulukta son derece bulaşıcı ve tehlikeli bir türün ortaya çıktığını bilmek, politika yapıcıları yayılmayı sınırlamak için güvenlik önlemleri alma konusunda bilgilendirebilir. Ayrıca, acil servis ziyaretlerinde ve yoğun bakım ünitesinde meydana gelen artışları planlaması gereken sağlık sistemleri için bir erken uyarı sistemi olarak da hizmet edebilir. Hangi suşun bir kişiye bulaştığını bilmek, hangi tedavilerin en faydalı olacağını belirlemeye de yardımcı olabilir.“dedi.

Rutgers Üniversitesi tarafından tasarlanan ve dünya çapında halihazırda birçok amaç için kullanılan gerçek zamanlı PCR problarını kullanan Rutgers, SARS-CoV-2'de bağışıklık kaçışını arttırdığı, nötralizasyonu önlediği gösterilen mutasyonları tespit etmek için Rutgers-RP RT-PCR testini tasarladı. Spesifik genetik mutasyonları tanımlamak için moleküler işaretlerin kullanımına öncülük ettiler. Moleküler işaretçiler, genellikle tek bir nükleotid ile farklılık gösteren vahşi tip dizilerden kaçınarak, spesifik bir mutant diziye seçici olarak bağlanmak üzere tasarlanabilen firkete şeklindeki moleküllerdir. 

Test için dokuz mutasyon seçildi ve her biri için işaret, farklı renkte boyalara sahip. Alfa, beta, gama, delta ve omikron gibi her orijinal endişe türü, bu mutasyonların benzersiz bir kombinasyonuna sahiptir. İşaret, hedef molekülüne bağlandığında, farklı rengi tahlil ile tespit edilebilir.

Her işaret, atanan mutasyona özgüllüğünü doğrulamak için ayrı ayrı test edildi. Ardından, işaretler bir multipleks tahlilde birleştirildi ve daha önce test edilmiş ve derin dizileme ile tanımlanmış 26 SARS-CoV2 pozitif hasta numunesi üzerinde RT-PCR ile test edildi. İki örnek alfa varyantı, ikisi epsilon varyantı ve sekizi delta varyantı olarak tanımlandı. Multipleks tahlil, %100 duyarlılık ve özgüllük ile derin dizilemeden elde edilen sonuçlarla tam uyum içindeydi.

Araştırmacılar, testin de çok uyarlanabilir olduğunu bildiriyor. Omicron ortaya çıktığında, araştırmacılar, omicron'a özgü ve bağışıklıktan kaçınma için önemli olan bir mutasyonu tanımlamak için bir aydan daha kısa bir sürede bir işaret tasarlamayı başardılar. Araştırmacılar, daha önce test edilmiş olan 33 ek hasta örneğinin 17'sinde omikron varyantını tanımladılar ve sonuçlar %100 uyumluydu.

New Jersey Tıp Okulu Halk Sağlığı Araştırma Enstitüsü BS, baş yazar Ryan J. Dikdan, "Yeni varyantları izlemek ve tanımlamak için geliştirdiğimiz araçlar, bu pandemi ve gelecekte ortaya çıkabilecek öngörülemeyen virüsler veya patojenler için faydalı olacak" dedi.

J. Dikdan;“SARS-CoV-2 virüsünün bizimle işi henüz bitmedi. Araştırmacılar, daha da bulaşıcı veya ölümcül olabilecek kaçınılmaz olarak ortaya çıkan suşlar için dünya çapında bir izleme sistemine umutsuzca ihtiyacımız var. Rutgers-RP RT-PCR varyant tahlili, bilinen tüm endişe türlerini izlemek için şu anda dünya çapındaki laboratuvarlarda yaygın olarak kullanılabilir. Test, ortaya çıkan her yeni önemli varyant için yeni primer/prob setleri ile güncellenecektir." şeklinde aktardı.

Makale:jmdjournal.org